台湾原住民的语言统属于南岛语系（Austronesian language family），其中台湾本土细分又可以分为三个语族：

①泰雅语族（atayalic，比较古老的南岛语分支）和太平洋上的南岛语（夏威夷、塔希提、马克萨斯）相对接近，包括泰雅族赛夏族和赛德克族使用）。

②邹语族（Tsouic），最小众的语族之一，只有阿里山邹族和几支邹族的分支使用。

③排湾语族（Paiwanic），分支最多，一般认为这一支诸多民族是从台湾迁移到菲律宾再返回台湾的，相对前两支比较“年轻”（其实也是一千年前左右迁回去的了），包括阿美族布农族排湾族鲁凯族卑南族等等……④台湾最年轻的原住民民族在台东的兰屿岛，兰屿岛上的达乌人是几百年前来自于菲律宾巴丹群岛，所以他们讲属于巴丹群岛南岛语方言的达乌语（雅美语）。

⑤关于台湾已经或濒临消亡的平原原住民语言（平埔族语）一般认为也归入上述三个系统，如噶马兰族 巴则海族等以上