故事情节：在东京某个位于西国立市的神社内，有三名可疑的男子正在密谈。突然有个戴着假面具的黑影男人出现，用日本刀和弓箭在瞬间将三人杀害;与此事件同时，大阪、京都也相继发生了杀人事件。

警方在经过调查后发现，被杀害的五人都是出没于东京、大阪、京都三地，专门偷窃著名佛像及艺术品的窃盗集团“源氏萤”的成员。

这个集团以日本历史上最有名的悲剧武将——源义经的故事《义经记》为名，首脑化名“义经”，部下则以“弁庆”为首，各自以家将姓名相称。

　　另一方面，小五郎带着柯南、小兰和园子来到了京都。八年前，位于京都的古老寺院——山能寺中的一尊国宝级佛像遭到偷窃，寺院的住持委托他们解读一幅可以判断佛像藏匿地点的谜样的画像，因而请来了小五郎帮忙。

　　《Time after time~花舞う街で~》该单曲由仓木麻衣

本人作词，歌词围绕“樱花”这一主题撰写。据仓木麻衣所说，她对京都美好的四季有着强烈的感觉，在就读于立命馆大学时，她看到樱花纷飞的美景并有感而发。

此外，由于这首歌在发行之时被唱片公司作为动画电影《名侦探柯南：迷宫的十字路》的主题曲，因而仓木麻衣

在创作过程中也结合了电影中服部平次和远山和叶的恋情。