清入关后建都北京，清统治者和元一样，更加重视骑射，把南海子作为重要的御苑之一，成为南苑。　清乾隆年间又在南苑大兴土木，重建海子，拨款三十八万两，将土围墙改建成砖墙，海墙用五尺厚三合土作根基垒四十八层砖，灰色砖墙基宽五尺，顶宽二尺，全长120多里，共有墙垛19085个，每垛长一丈，高八尺五寸。

还将海子四门增为九门，新建了小红门、黄村门、回城门、双桥门。除此之外还开辟了马家堡、栅子口、马道口、羊坊、毕家湾、房辛店、大屯、北店、三间房、刘村、高米店、潘家庙等十二个角门。

　另外，清廷还在海子里营造二十四处园林，重建和新建了四座行宫（旧宫、新宫、南宫、团河宫），八大寺庙（宁佑庙、真武庙、三关庙、娘娘庙、镇国寺、永穆寺、德寿寺、清真寺），开凿了人工河，挖了供野兽饮水用的水泡子，建了桥，铺了御道，修了鹿圈。

　自同治元年以后，南苑逐渐成了京师军事重地，同治十二年（1873年）清政府在旧宫北增设了神机营，建营盘二十二座，瓦房五十九间，灰房七百十三间，土房三千六百四十六间，营门四十六座，濠墙四千四百二十四丈，神机营分为左翼、右翼、中营，共驻扎官兵一万四千余人。

光绪年间神机营有马、步队二十五营。