丰臣秀吉是病死的。

庆长三年（1598年）8月18日，丰臣秀吉因病逝世，死于伏见城。丰臣秀吉死前，领五大老辅佐幼子丰臣秀赖（とよとみ ひでより）。

其根本目的是要以合议制度来抑制德川家康的抬头，以确保丰臣政权可以代代相传。入侵朝鲜半岛的日军在接获五大老的命令及以石田三成为首的五奉行安排下，向明朝隐瞒了秀吉的死讯，随后与明朝议和并逐渐从朝鲜撤军。

可是这场战役日军损失巨大，此役也埋下了德川家康日后成为征夷大将军的一个重要伏因。而日本与朝鲜的关系，到庆长十一年（1607年）才恢复正常。

丰臣秀吉死后，他生前安排的政治均势很快被打破。五大老以德川家康（とくがわ いえやす）最具影响力，使丰臣家内部势力开始有派系分别。

不久，五大老之一的前田利家也过世，五奉行之一的石田三成开始与家康对立，互相拢络势力。最后东军以德川家康为首，西军以毛利辉元为首，于庆长五年（1600年）两军对决，史称关原合战，后来德川方面赢得战争，而石田三成则被处死。

庆长八年（1603年），德川家康即征夷大将军之位，丰臣家从此日渐没落。