国家专利局。

申请专利的话，需要公开你的配方（专利的实质就是以公开换保护，国家知识产权局在授予你专利证书的同时需要在专利刊物上公布你的配方，看看是否有人反对，如果有人拿出证据证明你的配方他们早已运用，或者在古书上早有记载，那你的配方就不能授予专利），给你授权书以后，药厂虽然知道你的配方，但是没有授权是没有人敢用的你配方进行生产经营的（当然也有侥幸和大胆的，但是一旦查出那是要赔偿你的损失的，但是药是不可能偷偷拿你的配方生产的，因为需要向国家药监局审批，当然也需要提供配方了）。

同时，即使你的配方有药厂想要生产，也必须经过国家药监局的审批（审批的步骤非常复杂，需要厂家花大量的钱去国家指定的医院和实验室进行试验，得出的实验数据之后，才有可能得到国家药监局的批准）。

当然，申请专利，需要找专利代理所帮忙申请，这样做的好处有很多，这也是国家鼓励的，高水平的代理所，能把你的专利保护范围最大化，而且能够使别人不能轻易知道你专利配方，也就是说进行一定的隐藏处理。

而且也能够使你的专利授权率更高，由于个人不懂专利申请，很容易出现专利保护范围很小（等于把自己的专利告诉别人了，又没有起到保护作用），而且专利申请书不符合规定而导致不能授权的情况出现非常严重（只要你提交了申请书，即使最后不能授权，也要公开你的申请书内容的，那样也会导致你的秘方泄露），我是负责药厂专利申请的，有什么不懂可以咨询。

现在国家鼓励申请专利，即使找专业人士帮忙申请，也基本上不用自己花钱，政府的减免和奖励都超过申请费用了。