镇海宫的前身称“树王公宫”，同附近发现的海底古森林遗迹有关。这个地方叫“海尾寮”。这里的人，平时受尽风沙的苦，多少年也种不活一棵绿树，看到海里有那么些个个硕壮的树桩，引发无穷的思慕，便塑造出一尊树王公，加以膜拜，祈求神灵能为大家减少风沙之害。

庙宇是元代建造的，历史已经相当悠久了。

相传在清康熙年间，施琅将军平台之前，曾在树王公宫附近屯兵牧马。平台之后，又从台湾引种能防风固沙的沙蓬草，在这海边种植。

沙蓬草一经种下就活了，开花结果，在沙丘上蓬蓬勃勃地长成一片，有效地防止了扬沙，多年来一直成为深沪湾防风的屏障。因为它从海峡东岸移来，所以有人称它为“东墙”；

也有人因为它扎在盛放食品的吊篮顶上可以防老鼠偷吃，而称之为“老鼠刺”。

在旧时代，人们每逢瘟疫，总要祷告瘟神，称它为“王爷”，奉上丰盛的供品，并造一条纸船或木船将王爷送走，这种仪式叫“送王爷船”。

传说清光绪年间，深沪湾海面忽然飘来一艘木制的王爷船，船上供奉12尊王爷，周围塑造差役鬼卒，遍插刀枪旗帜，仪仗森严，鼓乐齐备。

船舱里还装载有柴、米等日用百货以及琵琶三弦等乐器。人们知道，这是沿海某地为禳灾求福送出来的王爷船，就焚香拜祝，趁着南风潮满，仍将船送出海去。

谁知王爷船在海上兜了一圈，又掉头驶回。村民觉得奇异，就将船留在树王公宫中，顶礼膜拜。遭遇瘟疫，有人来刮削船木煎水服用，居然还能治愈，于是来求祷者日众，将12王爷当作地方的主神。

以王爷船飘来的日子——农历四月十八日，作为王爷圣诞，每年由各村轮值举办庆诞，香火日兴，庙宇也由树王公宫改名为“镇海宫”。

本地有许多漂洋过海谋生的侨胞，出外之时必定要带着镇海宫的香火，一来借神灵保佑出外平安，二来寄托对家乡的思念。这一处神庙已成为他们心目中祖国、家乡的一种象征。

随着当地经济的发展，百姓生活水平的提高，镇海宫的规模越建越大。1994年，当地旅居菲律宾、马来西亚侨胞和港澳台胞、地方民众捐资500余万元，重新庙宇。

现庙宇建筑总面积3530平方米，主殿建筑面积1740平方米，占地总面积70余亩，成为晋江最大的庙宇之一。