英雄萨姆有三个版本：

一、是讲述的是未来时空，

二、讲述的是过去时空，

三、是讲述他回家的故事。

英雄萨姆3，也就是第一个故事，2032年，人类发掘了一个古老的文明仪器，是最具有智慧的，人类从此过上了和平的生活。

但是，和平，不是永远的，来自天牛星的外星人侵略地球，到处肆虐，破坏。于是人们决定反击，萨姆.斯通是里面最具用经验，勇敢，而且身体方面十分完美的自由战士。

在和战友搜寻外星人异性时，萨姆不幸从直升机上坠落。醒来后开始和其他战友和一位女战士联系，准备集合。然而，最后只剩萨姆孤身一人，所以萨姆在这场游戏中的代号是“最后的地球人”。

闯过种种关卡后，开始决战boss。可最后虽然打败了那个四脚巨型怪，可一个巨大陨石已经冲地球砸来。为了拯救地球，萨姆跳进了时空机器，喊道：三千年后见！随后，地球成了灰烬。

接下来是英雄萨姆.首次出击，出始地点你会发现萨姆姆脚下踩的就是时光机器，也就是说，他来到了三千年前。地球还安然无恙，但现在地球除了外星异形，就只有萨姆一人了。

萨姆在一次过了种种关卡，在一个飞船中将四个手的超大怪物打死了。

然后萨姆的武器全部丢了，跑向飞船的底部，却被一道光吸上去了......后来飞船被大头人飞船炸坠落了。萨姆就掉到一条河里，也就开始了萨姆.二次出击的剧情。

将最后一个boss打死后，萨姆和一个人打电话，那人是他的父亲，这说明现在不仅萨姆一人在地球上。他成功了，他拯救了地球和地球人上的所有人。

接下来他踏入了萨姆2的路程，一个博士给了他一种非凡的能力并嘱托他去天狼星，消灭那些外星人。于是，萨姆再次踏上了杀外星生物的道路。

还是杀出重重怪物，最后将外星生物的基地毁了。萨姆获得了最终的胜利。踏上了回家的道路，不知他还要面临什么样的挑战...