第一头异生兽THE ONE来到地球，不久之后，一颗红色光球尾随其 来到地球，那就是诺亚奥特曼（在地球的代号为THE NEXT，即奈克斯特·奥特曼）。

但在3万米高空中，THE NEXT与一架航空自卫队的战斗机意外相撞了，不得已与那个名叫真木舜一的驾驶员共享生命。

在新宿与THE ONE战斗并将其消灭之后，真木舜一甘愿把生命还给诺亚，但他向诺亚述说了身为父亲无法履行与儿子约定的遗憾，诺亚最终被感动并救回了他的性命，后与之分离化作光沉睡在地球。

伴随着巨大异生兽的出现，诺亚奥特曼作为奈克瑟斯奥特曼从沉眠中觉醒，选择了姬矢准作为第二任适能者再次展开了战斗，接连打倒了黑暗浮士德、黑暗梅菲斯特。

之后，千树怜被选为第三任适能者。与合成型异生兽战斗之后，西条风成为第四任适能者，因黑暗扎基（石堀光彦）的陷阱被夺去了光，黑暗扎基（石堀光彦）也因此完全复活。

后来，孤门一辉接受“进化信赖者”成为第五任适能者，变成奈克瑟斯奥特曼对战黑暗扎基。最后，由于人类绝不放弃希望的强烈信念，使得奈克瑟斯奥特曼变成了最终的也是最原始的形态——诺亚奥特曼。

诺亚以压倒性的实力碾压黑暗扎基，最后用贯穿大气层的必杀技“闪电·诺亚”将黑暗扎基在宇宙中彻底粉碎。黑暗最终消散，诺亚的使命完成。