一、定义不同：细胞质是细胞质膜包围的除核区外的一切半透明、胶状、颗粒状物质的总称。而细胞质基质又称胞质溶胶是细胞质中均质而半透明的胶体部分，充填于其它有形结构之间。

二、组成不同：细胞质又称胞浆是由细胞质基质、内膜系统、细胞骨架和包涵物组成。细胞质包括基质、细胞器和包含物，在生活状态下为透明的胶状物。

而细胞质基质指细胞质内呈液态的部分，是细胞质的基本成分，主要含有多种可溶性酶、糖、无机盐和水等。

三、成份不同：细胞质含水量约80%。细胞质的主要成分为核糖体、贮藏物、多种酶类和中间代谢物、各种营养物和大分子的单体等，少数细菌还有类囊体、羚酶体、气泡或伴孢晶体等。

而细胞质基质的化学组成可按其分子量大小分为三类，即小分子、中等分子和大分子。小分子包括水、无机离子；属于中等分子的有脂类、糖类、氨基酸、核昔酸及其衍生物等；

大分子则包括多糖、蛋白质、脂蛋白和RNA等。

四、作用不同：细胞质是进行新陈代谢的主要场所，绝大多数的化学反应都在细胞质中进行。同时它对细胞核也有调控作用。

细胞质基质的主要功能是：为各种细胞器维持其正常结构提供所需要的离子环境，为各类细胞器完成其功能活动供给所需的一切底物，同时也是进行某些生化活动的场所。

提供细胞器的稳定微环境。影响细胞的形状。