审核的基本方法是抽样，但在审核过程中如何抽取文件资料样本、设备型号、工具编号、查证记录、发现问题和获取客观证据，则需根据实际情况和所掌握的审核技术来选择适宜的方法（实际上，这在编制审检表时就应考虑好）。

下面介绍常用的审核方法。

 (1)按操作流程自上而下或自下而上的审核方法

按操作流程是指按生产流程的顺序依次进行审核的方法。它包括自上而下即自原材料生产至最终产品产出，或自下而上即自最终产品产出逆向而上到原材料生产两种方法。

(2)按要素审核的方法

按要素审核是指以要素为中心，对该要素所涉及的部门皆进行审核，这往往出现这样局面：一个要素涉及多个部门，要到不同部门去审核才能完成此要素的审核；

一个部门涉及有多个要素要求，则需接受多次重复审核才能最终完成受审任务。 

(3)按部门审核的方法

按部门审核是指以部门为中心，对该部门所有活动和所涉及的要素一次审核清楚，不再反复去该部门调查，然后按要素把该部门审核的结果汇总起来，得出该部门的审核结论。

 (4)顺藤摸瓜审核方法

这种方法是以问题线索为主导，深入追查或核实。审核员先到信息集中的部门进行审核，根据这一部门的有关信息发现体系中可能存在的问题，并就某些信息的落实和实施情况到有关部门进行核查。

有时问题线索会超出核查表范围甚至某个审核员的分工范围，这种情况下，不妨改变计划紧追不舍或通知其他审核员就发现的问题继续核查。

 (5)现场扫描审核方法

现场扫描是以全面观察现场现象为主的审核方法。这种方法是审核员到作业现场后，先对作业现场概况进行扫描，然后抽取一定的样本进行核查。

标准的一些要素的要求，如运行控制、检查与纠正措施等，只有通过现场扫描，才能获得客观证据，得出准确结论。