口袋妖怪永恒之沫3.0巨神柱就是神柱王，这个需要先捕捉三神柱，然后才能去捕捉神柱王。三神柱的具体捕捉流程如下：

第一步：在126号水道的海底的水草中遇“地图石鱼（花刺）”（比较稀有）。

第二步：在海边用中/高级钓竿钓“皮皮鲸”，并练到40级进化成“巨鲸”。

第三步：得到TM28“挖洞”并给精灵学习。

第四步：把上面所说的精灵都带上。好了，准备工作都做完了。那么，开始！从那个建在水上的城市往右游，会来到一个有很多急流的地方，一直从最下面游，会来到一个略成方行的海滩，从中间游过去，会来到一个四面被急流包围的深色水域，潜下去，一直走倒头，调查石板后浮上去，便会到达遗迹。

调查尽头的石板后用挖洞，会出现一个洞，进去后把地图石鱼放在第一个，巨鲸放在最后，调查尽头的石板后会有地震。地震完之后离开这里去捉三神柱。

岩神柱：沙漠下方的一个小山洞，调查尽头的石板后向右两步在向下两步并用怪力术，石板便会打开一个洞，进去便可。

冰神柱：105水道的左边的一个小山洞，调查石板后原地不动地站两分钟，石板便会打开一个洞，进去抓。

钢神柱：118道路左边的山上的一个小山洞，进去调查石板后在洞的中间用飞天，石板便会打开一个洞，进去抓。

然后再返回那个海底遗迹，进入一个向下的洞穴，神柱王就在里面，上前捕捉即可。