主要区别是，车站地址不同、车站规模不同、主要线路不同，具体如下：

一、车站地址不同

1、杭州站

车站地址：浙江省杭州市上城区环城东路1号。

2、杭州东站

车站地址：浙江省杭州市江干区全福桥路2号。

3、杭州南站

车站地址：浙江省杭州市萧山区站前路1号。

二、车站规模不同

1、杭州站

建筑面积：5万余平方米（截至2016年2月）。站台规模：5台9线（截至2016年2月）。

2、杭州东站

建筑面积：34万平方米（截至2019年12月）。站台规模：15台30线（截至2019年12月）。

3、杭州南站

建筑面积：22.8万平方米 。站台规模：7台21线 。

三、主要线路不同

1、杭州站

主要线路：沪昆铁路（沪昆绕行线）、宣杭铁路。

2、杭州东站

主要线路：沪昆铁路、宣杭铁路、萧甬铁路、沪昆高速铁路、宁杭高速铁路、杭甬高速铁路、杭黄高速铁路。

3、杭州南站

主要线路：沪昆铁路、萧甬铁路、杭甬高速铁路、沪昆高速铁路、杭黄高速铁路等。