一、颜料涂染

这种标记方法在实验室最常使用，也很方便，使用的颜料一般有3％～5％苦味酸溶液(黄色)，2％硝酸银(咖啡色)溶液和0.5％中性品红(红色)等，标记用毛笔或棉签蘸取上述溶液，在动物体的不同部位涂上斑点，以示不同号码。

编号的原则是，先左后右，从上到下，一段把涂在左前腿上的计为1号，左侧腹部计为2号，左后腿为3号，头顶部计为4号，腰背部为5号，尾基部为6号，右前腿为7号，右侧腹部计为8号，右后腿为9号。

若动物编号超过10或更大数字时，可使用上述两种不同颜色的溶液，即把一种颜色作为个位数，另一位颜色作为十位数，这种交互使用可编到99号，假如把红的记为十位数，黄的记为个位数，那么右后腿黄斑，头顶红斑，则表示是49号，其余类推。

该方法对于实验周期短的实验动物较合适，时间长了染料易退掉；对于哺乳期的子畜也不适合，因母畜容易咬死子畜或把染料舔掉

二、烙印法

用刺数钳在动物耳上刺号码，然后用棉签蘸着溶在酒精中的黑墨在刺号上加以涂抹，烙印前最好对烙印部位预先用酒精消毒。 

三、号牌法

用金属制的牌号固定于实验动物的耳上。大动物可系于颈上。对猴、犬、猫等大动物有时可不做特别标记，只记录它们的外表和毛色即可。

四、剪毛法

用剪毛刀在动物一侧或背部剪出号码，此法编号清楚可靠，但该法只适用于大、中型动物，如犬、兔等的短期观察。 

五、打号法用刺数钳(又称耳号钳)将号码打在动物耳朵上。打号前用蘸有酒精的棉球擦净耳朵，用耳号钳刺上号码，然后在烙印部位用棉球蘸上溶在食醋里的黑墨水擦抹。

该法适用于耳朵比较大的兔、犬等动物。

六、针刺法

用七号或八号针头蘸取少量碳素墨水，在耳部、前后肢以及尾部等处刺入皮下，在受刺部位留有一黑色标记。该法适用于大小鼠、豚鼠等。

在实验动物数量少的情况下，也可用于兔、犬等动物。