主流媒体的体制机制改革可以分两个层面：

一是体制层面，主要指媒体机构的属性、媒体结构体系以及媒体监管体系等。具体而言，改革的点可以有这些：

首先，主流媒体的属性界定，特别是媒体融合后的新型主流媒体的属性如何界定。到底是公益一类还是公益二类，这有着非常明确而不同的政策边界与监管要求，也给媒体机构提出了不同的使命、功能、职责与发展模式的规定。

从媒体融合的现实看，媒体务必要增加服务功能，这样才能够满足社会需求，因此， 融合媒体乃至全媒体不可能只有纯粹的公益服务，而不进行必要的市场运营与经济效益的获取。

其次，主流媒体的结构体系，特别是新型主流媒体的结构体系，需要适时进行结构性创新与升级。我国主流媒体的结构体系基本上有两个特征，一是层级化或称地域化分布，即中央媒体、省级媒体、市县媒体，报纸主要为三级分布，广电为四级分布，每个层级没有隶属关系；

二是部门化或称行业化分布，即许多部委、许多行业都有自己的行业媒体机构。前者可以简称为横向结构，后者可以简称为纵向结构，二者有时候又是相互交叉的、混合的。

因此，改革难度很大。可是，媒体融合很难只做一个区域或者一个行业的媒体融合，网络时代的信息传播是没有层级或地域、部门或行业的截然割裂的。

因此， 媒体融合应该尝试媒体的跨区域横向融合，或者跨行业横向融合，或者从央媒到基层的垂直融合，同行业、同领域的垂直融合，从而真正搭建有影响力的新型全媒体综合平台和全媒体垂直平台。

第三，主流媒体的监管体系，特别是新型主流媒体的监管体系需要全新的制度设计与安排。面对媒体融合之后全新的全媒体综合平台或者全媒体垂直平台，一体化监管的新型主流媒体监管体系需要破茧而出。

二是机制层面。这个主要指主流媒体机构的内部组织设置、业务流程以及管理体系等。可以深化改革的点有这些：

首先，内部组织设置，即由中心制、频道制，逐步转向项目部制或者产品事业部制。

其次，业务流程打通。新闻业务已经基于“中央厨房”类系统打通了策采编评发流程，急需将非新闻类产品与服务的流程打通，上游与下游、网上与网下、内容与运营融合。

第三，内部管理体系，以扁平化为基础，以用户为驱动，以各类服务（含政务、商务等）为面向等，配置人财物资源。