港珠澳大桥地处外海，气象水文条件复杂，修建难度大。

1、伶仃洋地处珠江口，平日涌浪暗流及每年的南海台风都极大影响高难度和高精度要求的桥隧施工；海底软基深厚，即工程所处海床面的淤泥质土、粉质粘土深厚，下卧基岩面起伏变化大，基岩深埋基本处于50至110米范围；

海水氯盐可腐蚀常规的钢筋混泥土桥结构。

2、伶仃洋是弱洋流海域，大量的港珠澳大桥青州航道桥海面景观淤泥不仅容易在新建桥墩、人工岛屿或在采用盾构技术开挖隧道过程中堆积并阻塞航道、形成冲击平原，而且会干扰人工填岛以及预制沉管的安置与对接；

同时，淤泥为生态环境重要成分，过渡开挖可致灾难性破坏；故桥隧工程既要满足低于10%阻水率的苛刻要求，又不能过渡转移泥。

3、港珠澳大桥主体工程深入外海，同时要面对复杂多变的海洋气候和海底地质条件，存在深水深槽、大径流、强回淤等不利因素。

2015年，港珠澳大桥沉管隧道的安置对接经历多次无功而返；其中E15节沉管历经三次浮运两次返航156天完成安装。