网上旗舰店和专营店的区别如下：

1、历史背景不同

网上旗舰店产生于工业社会，随着工业化程度的提高，会计业务的处理量日渐增大，会计工作的处理方法日渐落后。为了适应企业的发展，加强信息处理力度，采用电子计算机对会计业务进行处理。

而专营店则产生于信息社会。在信息社会中，有一个公式：“企业的财富=经营+信息．可见信息之重要性。信息社会要求社会信息化。

专营店是社会的细胞，社会信息化必然要求企业信息化，企业信息化必然导致会计信息化。

2、目标不同

现行的网上旗舰店是基于手工会计系统发展而来，其业务流程与手工操作方法基本一致。主要是为了减轻手工操作系统的重复性劳动，提高了效率；

而专营店是从管理者的角度进行设计的。能实现会计业务的信息化管理，充分发挥会计工作在企业管理和决策中的核心作用。

3、技术手段不同

现行的网上旗舰店由于开始设立时的环境束缚，主要是对单功能的计算机设立的。后来的会计电算化软件也是在此基础上的发展和改善；

而专营店是在网络环境下进行设计的，其实现的主要手段是计算机网络及现代通讯等新的信息技术。

4、功能范围和会计程序不同

网上旗舰店是对手工会计系统的改进。是在手工的基础上产生的，故其会计程序也模仿手工会计程序而进行，也是以记账凭证为开始。

最后实现用计算机对经济业务进行记账、转账和提供报表等功能；

而专营店是适应时代的要求。根据现代信息的及时性、准确性、实时性的特点而产生的。它是从管理的角度进行设计．具有业务核算、会计信息管理和决策分析等功能，其会计程序是根据会计目标，按照信息管理原理和信息技术重整会计流程。

5、信息输入输出的对象不同

网上旗舰店主要是为财务部门设立的。设计时只考虑了财务部门的需要，由财务部门输入会计信息，输出时也只能由财务部门打印后报送其他机构；

而专营店是企业业务处理及管理信息系统的组成部分，其大量数据从企业内外其他系统直接获取，输出也是依靠网络由企业内外的各机构、部门根据授权直接在系统中获取。