大肠杆菌常温放置会导致质粒降解，但短时间比如1-3天问题不大，而且一天只会导致大肠杆菌因为缺乏营养而停止生长，可以用来抽提质粒。

超过三天会开始降解，一周后明显降解。质粒在4度可放置数个月，-20保存数年。

菌液一般放在-80度能保存1年。提出来的质粒最好以沉淀的形式保存，用的时候再溶解、抽提，沉淀、再使用。质粒是用TE溶解，效果会好些，-20度放置时间长了是会发生一定的分解，比如质粒不再像新提的时候 那样是3条带，可能会变成一条带居多。

可以转化一次后重新提一些新的继续保存，最好不要划线挑单克隆，而是转化复苏后直接加到含抗生素(antibiotic)的液体培养基中培养，因为单克隆中的质粒（特别是含有外源基因的重组质粒），可能存在基因突变的情况（虽然几率很小但是我在校正点突变的实验中就遇到过，基因原来测序正确的质粒经过一次重新转化划线挑单菌落提质粒后，再测序发现出现了一个新的碱基的突变）。

所以最好是同时保存一份含有质粒的菌。虽然再次复苏的时候长得会比较慢，但活化后，还是跟新的没有什么差别的。

保存大肠杆菌(Escherichia coli)菌种，-20度对于不含质粒的菌种一般是用15%的甘油保存，对于含有质粒的菌种一般用10%的甘油保存，（PET操作手册上有说明），甘油浓度高了质粒的稳定性不好。