作废发票的代码用18位的阿拉伯数字或大写英文字母编写，由登记管理部门代码（1位）、机构类别代码（1位）、登记管理机关行政区划码（6位）、主体标识码（组织机构代码）（9位）和校验码（1位）5个部分组成，并对涉及到的组织机构、法人、其他组织、组织机构代码、统一社会信用代码等相关概念作出了规定。

而开负数发票一律由15位、17位、18或者20位码（字符型）组成，其中：企业、事业单位等组织机构纳税人，以国家质量监督检验检疫总局编制的9位码（其中区分主码位与校验位之间的“－”符省略不打印）并在其前面加挂6位行政区划码共15位码。

2、开发票时填写的信息不同

作废发票需要在普通增值税发票的“购买方纳税人识别号”栏填写购买方的统一社会信用代码。购买方为企业的凭证，索取增值税普通发票时，应向销售方提供统一社会信用代码。

而销售方为其提供开负数发票时，应在“购买方纳税人识别号”栏填写购买方的纳税人识别号，不符合规定的发票，不得作为税收凭证。

开负数发票是具有唯一性的，只要税务发票系统里面查到了这家企业的发票代码不同，就可以查询到这家企业的进销项发票情况，也就可以知道企业是否虚开发票了。

3、格式不同

作废发票的格式、字体、栏次、内容与增值税专用发票完全一致，按发票联次分为两联票和五联票两种，基本联次为两联，第一联为记账联，销货方用作记账凭证；

第二联为发票联，购货方用作记账凭证。

而开负数发票第二联（发票联）采用防伪纸张印制。代码采用专用防伪油墨印刷，号码的字型为专用异型体，第一联为发票联，销货方用作记账凭证；

第二联为记账联。