1994年4月28日，成立根河市，行政区划仍为原额尔古纳左旗行政区划。根河市下设好里堡镇、得耳布尔镇、金河镇、牛耳河镇、阿龙山镇、满归镇、敖鲁古雅鄂温克族乡和中央路街道办事处、河西街道办事处、森工路街道办事处。

乡镇、街道办事处辖112个居民委员会，811个居民小组。

2001年6月6日，撤消根河市牛耳河镇，牛耳河镇职能整体并入金河镇，划并后金河镇土地面积5353平方公里。根河市下设5个镇1个乡3个办事处。

2003年2月8日，变更根河市街道办事处行政区划面积及名称。河西街道办事处辖区面积由原3.2平方公里，调整为2.4平方公里；

原中央路街道办事处更名为河东街道办事处，辖区面积由1.98平方公里调整为2.0平方公里；原森工路街道办事处更名为森工街道办事处，辖区面积由5.0平方公里调整为5.8平方公里。

2003年12月29日，将敖鲁古雅鄂温克族乡整体向南迁至三车间，原行政区域面积1096平方公里划归满归镇，满归镇总面积变为3072.81平方公里。

2006年5月23日，根河市进行乡镇机构改革，将好里堡镇、得耳布尔镇分别变更为好里堡街道办事处、得耳布尔街道办事处。

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2011年6月15日，根据自治区政府{内政字(2011)144号}文件批复，恢复得耳布尔镇，恢复后全市辖4镇1乡4个街道办事处，分别是金河镇，阿龙山镇，满归镇，得耳布尔镇，敖鲁古雅鄂温克族乡、好里堡办事处、河东办事处、河西办事处、森工办事处。

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