主要区别在于：合作社是经济组织形式，现代农业则是生产方式形式。

农业合作社是以农业生产为主的合作经济组织。

现代农业是指在现代工业和现代科学技术基础上发展起来的农业。

农业生产合作社简称“农业社”。中国农业社会主义改造的一种形式，是劳动农民为共同发展生产自愿联合组成的集体经济组织。

按照集体化程度的不同，又分为初级农业生产合作社 (简称“初级社”) 和高级农业生产合作社 (简称“高级社”)。

初级社实行社员私有土地作股入社，统一经营；大型农具、耕畜等入社统一使用，由社付给报酬，或作价入社，由社分期付款；

劳动成果按劳动资料股和劳动分配，土地等劳动资料股的报酬一般低于劳动报酬。

现代农业是在现代工业和现代科学技术基础上发展起来的农业。萌发于资本主义工业化时期，而在第二次世界大战以后才形成的发达农业。

其主要特征是：

(1)广泛地运用现代科学技术，由顺应自然变为自觉地利用自然和改造自然，由凭借传统经验变为依靠科学，成为科学化的农业，使其建立在植物学、动物学、化学、物理学等科学高度发展的基础上。

(2)把工业部门生产的大量物质和能量投入到农业生产中，以换取大量农产品，成为工业化的农业。

(3)农业生产走上了区域化、专业化的道路，由自然经济变为高度发达的商品经济，成为商品化、社会化的农业。