故事中有两个可爱的主人公，一个是被小精灵变成了拇指大的小不点的尼尔斯，一个是莫顿，是一只会飞的鹅，莫顿带着尼尔斯跟着大雁飞。

没想到家鹅竟神奇地飞上天和大雁们一起旅行。

于是尼尔斯开始了漫长而又危险的骑鹅旅行。一路上，他们破坏了狐狸斯密尔的许多诡计，从强盗山逃出来，尼尔斯差点被国王铜像踩扁，幸亏木偶帮助了他，还有打败了灰田鼠兵团，救了小松鼠……他们经历了很多事情，克服了重重困难，终于到了拉普兰。

后来，尼尔斯知道了变回人的方法，那就是只要能把雄鹅莫顿照顾好就可以了，过了夏季，他们往回飞，飞到家里的时候，尼尔斯变大了，回到爸爸妈妈身边。

尼尔斯从一个调皮捣蛋的孩子变成一个勇敢、乐于助人的好孩子。帮助别人是最快乐的，要做这样的孩子。在这次长途旅行中，尼尔斯看到了祖国的美丽风光。

他增长了许多新知识，结识了许多好朋友，听了许多传奇故事，同时也经历了许多许多的困难与危险，并从各种动物那得到了不少的优点，逐渐改正了自己以前的缺点，还培养了勇于舍己、助人为乐的优秀品德。

由于尼尔斯变善良了，当他重返家园时，不仅变回了人，而且成了一个勇敢、善良、乐于助人、富有责任感而又勤劳的男孩。

尼尔斯虽然身处逆境，但最终能克服恐惧的心理，并在一次次的“磨练”中变得勇敢起来。

最终，尼尔斯从一个淘气，贪玩，喜欢恶作剧的小男孩变成一个懂事，乐于助人的好孩子，因为他懂得了给予别人帮助是快乐的!