《巴啦啦小魔仙》大结局剧情：

美琪、美雪射出的魔仙之箭郑重了天空中九颗灾星，并且贯穿，破解了黑暗之神的邪恶力量。在惨烈的爆炸中，古娜拉与九颗灾星被彻底消灭了。

小月晕倒，最后失忆了，对自己从前所作的事一点都不记得了，善良的女王决定让她重新做人。女王给了美琪、美雪最后所需的一分，让她们成为了正式小魔仙的一员，并赐予了她们一个能量盒，让她们可随时进入魔仙堡。

而莉莉成为实习小魔仙，重新学习能够帮助人的魔法。小蓝将功补过，重新成为守护魔仙。女王跟游乐恢复了母子之情。在人类的世界，莉妈与凌妈、凌爸发现女儿失踪，报警了也还是急的就像热锅上蚂蚁，幸运的是，没过多久，三人就分别回了各自的家。

一年后，小蓝和游乐以魔仙升级考试的监考身份再次来到人界和美琪、美雪重聚。本来美琪美雪以为小蓝和游乐能够和谐相处，结果因为两人都没带试题的事互相推卸责任，又变回了原来的老样子。