发生蓝藻水华，主要原因是水体聚集了过多的富营养物质。水体富营养化可细分为天然富营养化与人为富营养化。藻类有些种类具有固氮能力，特别是具有异形胞的种类，能够利用空气中的氮气合成自身需要的氮肥，从而改变水体中的氮磷比，所以蓝藻的发生和水体的营养元素比例失衡有很大关系。

形成水华的蓝藻主要有：微囊藻、鱼腥藻、色球藻、螺旋藻、拟项圈藻、腔球藻、尖头藻、颤藻、裂面藻、胶鞘藻、节球藻、束毛藻等十多个属。

其中微囊藻水华极为常见，它是水体富营养化的标志

天然富营养化是指湖泊营养物质的天然富集，需要千年甚至万年的演化过程。目前出现的蓝藻迸发主要原因是人为富营养化造成的随着人类对环境资源的开发利用活动日益增加，工业的发展以及乡村人口的高度集中，大量含有污染物质的工业废水和生活污水未经适当处置便排入水体，使水体中氨氮、磷以及有机污染物等耗氧物质浓度的升高，增加了水中的营养物质的负荷量