最早提出遗传密码这一名词的是量子力学奠基人之一，奥地利物理学家施勒丁格(E．Schrodinger，1944)。

第一个提出遗传密码具体设想的是美国物理学家G．Gamov，他通过推算提出了三联体密码子的概念，并且进一步推论一种氨基酸可能不止有一个密码子。

克里克(Crick)、布伦纳(S．Brenner)等人以T4噬菌体作为主要研究材料，证实了三联体密码子决定20种不同的氨基酸。

第一个用实验破译密码子的是马太(Matthaei)和尼伦伯格(Nirenberg)，1961年，他们在实验室内把大量的大肠杆菌磨碎制成无细胞提取液，其中含有蛋白质合成所必须的各种酶和氨基酸，然后装入试管，加入少量ATP和人工合成的聚尿嘧啶核苷酸，结果合成的肽链完全是由Phe连接起来的。

这一实验说明，Phe的密码子一定是UUU。用同样的方法，得知Pro的密码子是CCC、Lys的密码子是AAA等。

随着技术的改进，以后又人工合成了6种不同的mRNA多聚体，每个多聚体只含有2个碱基，用它们作模板进行蛋白质合成实验。

结果表明，在合成的肽链中一种氨基酸和另一种氨基酸的比例决定于上述的碱基比例。例如，用70％的U和30％的A合成RNA，U和A是自由排列的，UUU顺序的三联体的机率是0.7×0.7×0.7≈0.34，即有34％的三联体是UUU。

而三联体UUA的机率是0.7×0.7×0.3≈0.15，即15％的三联体是UUA。用上述比例合成的RNA作模板，进行蛋白质的合成。

结果发现了30％的聚Phe链和15％的聚Leu链。证明UUU是Phe密码子，而UUA则是Leu的密码子。