依兰原名三姓，是满语"依兰哈喇"的汉译。后金天命元年～五年(1616年～1620年)努尔哈赤派大臣招抚了居住在黑龙江流域的努业勒(卢姓)、葛依克勒(葛姓)、胡什哈里(胡姓)三姓赫哲氏族，先后来古代依兰地区居住，因此该地始称"三姓"。

据《依兰倭肯哈达洞穴发掘报告》称，远自五、六千年前，县境内己有肃慎人先世繁衍生息，是古代依兰最早的居民。周秦时期均属肃慎族部落。

汉晋为挹娄部。北魏时代(386～534)依兰是勿吉国中心。勿吉当时臣服于北魏，至北朝末。隋朝时勿吉改称。唐时共七部，其中粟末部日趋强大，于圣历元年(698年)创立震国，唐于开元元年(713年)册封其首领大祚荣为渤海郡王，国名渤海。

至成和年间(831年后)划全境为五京，十五府，六十二州，一百三十余县古依兰属德里府，府治德里镇，置于忽汗河(今牡丹江)口左岸(今依兰马大屯一带)。

辽灭渤海后，继承渤海领土主权，废除州县建制，将黑龙江、松花江、乌苏里江流域中下游地区五个大集团分别设五个国(部)统辖，德里镇一带属其中之一的越里吉国(部)。

统和二年(984年)五月，五国服辽，辽"命居本土，以镇东北境”。越里吉国首城为五国城(即今依兰五国城遗址)。因其居以东四国(部)之首，史称五国头城。

金灭辽后行政设路治，称胡里改路，首府于今依兰镇五国城遗址，属上京路所辖。路名因面临胡里改江(今牡丹江)而得。路下设猛安(千户)，谋克(百户)逐级分管所属地域军政、生产事务。

在今县境内有。宋哥(葛)屯猛安，置于胡里改江左岸，今发电厂一带。哥扎宋哥屯谋克同置胡里改江左岸。胡里改猛安，置于牡丹江沿岸。

屯河猛安，置于屯河(今汤旺河)下游。十二世纪，蒙古族兴起漠北。金辽东巡抚使蒲鲜万奴降蒙古，继又叛蒙古而独立。建东真国(又称东夏国)势力波及北到松花江一带，南达朝鲜辽东，东抵海西止于金界壕。

依兰旧古城北出土的"监造提控所印"证明东真国的疆域己达胡里改路。元朝建立后，依兰初属辽阳行中书省开元路，后由开元路划出归合兰府水达达路管辖。

其下设五个军民万户府，抚镇北边。在今依兰境内有二：斡朵怜万户府，置牡丹江西岸马大屯一带，胡里改万户府置辽代五国城遗址，境内设驿站三。

忽帖罕站、斡朵怜站、一半山站(今巴兰河口东永和大队一带)。明初属三万卫辖区。洪武二十一年(1388年)干户候史家奴率步骑2000，抵斡里卫(马大屯一带)。

候史家奴以粮饷难继，奏请迁移。永乐七年(1409年)后属奴尔干都司指挥使司。下设384卫，三姓地方设有25卫。后金天命五年(1620年)三姓人推举葛氏索索库首领为部长，卢、胡二姓为副部长，受清兵征调。

清顺治兰年(1645年)为加强三姓地方驻防兵力，将从征山东的三姓部分兵丁千余人撤回三姓。赏三姓各族佐领世职，管理三姓地方。

清康熙三年(1 664年)初设三姓城。康熙三十一年(1692年)三姓编镶黄旗、正黄旗、正白旗上三姓，同年设协领衙门，建筑三姓新城(令县城)。

雍正五年(1727年)设协领。雍正十年(1732年)设三姓副都统衙门专理库页岛和黑龙江下游以北、乌苏里江以东广大地区的军政事项。

清乾隆十七年(1752年)撤宁古塔将军，三姓副都统改山吉林将军统辖。乾隆二十年(1755年)后管理黑龙江下游、松花江中下游、乌苏里江、库页岛、南北菲牙喀海(今鄂霍茨克海)海域。

清光绪八年(1882年)设富克锦协领衙门，属三姓副都统，统归吉林将军。光绪三十一年(1905年)置依兰府，撤三姓副都统衙门。

光绪三十三年(1907年)改革东北行政制度划分三省，依兰辖于吉林省。宣统元年(1909年)于依兰设东北路道，同年8月改称东北路分巡兵备道，道尹(台)公署置于三姓城(今依兰镇)。

民国2年(1913年)改东北路分巡兵备道为依兰道。初辖依兰、穆棱、方正、桦川、富锦、同江、绥远、饶河、虎林、密山十县，后增宝清、勃利二县。

同年，依兰府改为依兰县，历经伪满及新中国成立后，至今县治未变