一、翻新维修说

在清代，云冈石窟进行了多次大规模的泥塑翻新及维修，在修补佛像时，采用传统的打孔、嵌入木栓、缠麻、涂泥、彩绘的办法，工匠把木桩打入佛像并固定，外覆泥塑彩绘。

这种方式虽然对防风化起到一定保护作用，但却对石雕造成了极大的破坏，经久，泥皮脱落，木桩枯朽，到如今便成了这番千疮百孔的样子。

二、搭脚手架说

据历史记载，云冈石窟最早是自上而下的开凿方式，先开凿上部天窗，从窟顶开始雕起向下开凿，然后下部开口供出入和清理，初期不需要搭脚手架。

但是，古时没有大型机械吊起施工，后期经过风化损坏，维修难以进行，所以后期辽、清彩绘修补时，就必须搭以脚手架，才能进行施工修补

三、石核脱落说

早期，昙曜五窟的16~20窟的大佛，是以北魏最早的五位帝王为原型开凿的。据史书记载，第十六窟“颜上足下，各有黑石，冥同帝体上下黑子。”

云冈石窟第十六窟

意为，佛像的身上有镶嵌有黑色琉璃石，其造像身上的石核与皇帝拓跋浚身上的黑痣位置吻合。

第二十窟大佛的眼睛，也是镶嵌有黑色石核的，还有许多佛像也有镶嵌，经过时代变更，石核脱落，便留下了这些洞孔。

四、窟檐回廊说

始凿于公元460年的昙曜五窟，如第二十窟露天大佛顶部，现在依然可见有此类窟檐孔洞，比如第5~8窟外，均修有窟檐，以保护佛像免遭刮风下雨的侵蚀。

而修建类似窟檐，就需要将木架插入石壁，固定梁架，到如今，木质梁架损毁，也就留下了各类或圆或方、或大

五、战争损毁说

石窟雕刻中，断头的、断手的雕刻比比皆是，除了自然损毁外，人为损坏也很严重。

据不完全统计，被盗往海外的佛头、佛像达上千数量之多，外国部分博物馆中仍存有许多中国佛首、佛像，佛首因雕刻精美，且便于运输、贩卖，所以身上留下了许多因枪炮造成的洞孔痕迹。

也有传为日本人所为，是抗日战争时期，枪炮留下的洞孔。

不过据日本旧照拍摄资料中所见，那时云冈部分雕刻已经千疮百孔，所以可信度较低。

如果是真的，可能开枪的时候还需要瞄的有规律、整齐一些...

如果是真的，可能开枪的时候还需要瞄的有规律、整齐一些...

六、保平安说

这种说法来自民间。

据说，附近居民认为雕刻佛像的石头，具有特殊的灵气，当家中出现怪病难愈、无药可救之时，就会在佛像上身打磨小孔取石末作为药引，时间久了，就留下了许多被打磨过的洞孔。