酵母菌的种类很多，适合于秸秆发酵的有产阮假丝酵母、热带假丝酵母、啤酒酵母、解脂假丝酵母、葡萄酒酵母、巴氏酵母、生香酵母和白地霉等。

酵母(saccharomyces) 是基因克隆实验中常用的真核生物受体细胞，培养酵母菌和培养大肠杆菌一样方便。酵母克隆载体的种类也很多。

酵母菌也有质粒存在，这种2μm 长的质粒称为2μm 质粒，约6 300bp。这种质粒至少有一段时间存在于细胞核内染色体以外，利用2μm 质粒和大肠杆菌中的质粒可以构建成能穿梭于细菌与酵母菌细胞之间的穿梭质粒。

酵母克隆载体都是在这个基础上构建的。

酵母是一种单细胞真菌，并非系统演化分类的单元。一种肉眼看不见的微小单细胞微生物，能将糖发酵成酒精和二氧化碳，分布于整个自然界，是一种典型的异养兼性厌氧微生物，在有氧和无氧条件下都能够存活，是一种天然发酵剂。

一般泛指能发酵糖类的各种单细胞真菌，可用于酿造生产，也可为致病菌——遗传工程和细胞周期研究的模式生物。酵母菌是人类文明史中被应用得最早的微生物。

已知有1000多种酵母，根据酵母菌产生孢子（子囊孢子和担孢子）的能力，可将酵母分成三类：形成孢子的株系属于子囊菌和担子菌。

不形成孢子但主要通过出芽生殖来繁殖的称为不完全真菌，或者叫“假酵母”（类酵母）。

已知极少部分酵母被分类到子囊菌门。酵母菌在自然界分布广泛，主要生长在偏酸性的潮湿的含糖环境。2018年2月，酵母长染色体的精准定制合成荣获科技部2017年度中国科学十大进展。