苏州大学共设有49个一级学科硕士学位授权点，33个专业学位硕士点：

一级学科硕士点：哲学、应用经济学、法学、社会学、政治学、马克思主义理论、教育学、心理学、体育学、中国语言文学、外国语言文学、新闻传播学、中国史、世界史、数学、物理学、化学、生物学、统计学、光学工程、机械工程、冶金工程、材料科学与工程、化学工程与技术。

电子科学与技术、信息与通信工程、计算机科学与技术、控制科学与工程、建筑学、纺织科学与工程、交通运输工程、生物医学工程、风景园林学、软件工程、畜牧学、基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学、药学、特种医学、护理学、戏剧与影视学、音乐与舞蹈学。

美术学、设计学、管理科学与工程、工商管理、公共管理、图书情报与档案管理。

专业学位硕士点：公共管理硕士、工商管理硕士、金融硕士、税务硕士、国际商务硕士、会计硕士、法律硕士（领域：法律〔非法学〕；

法律〔法学〕）、教育硕士（领域：教育管理；学科教学〔思想政治〕；学科教学〔语文〕；学科教学〔数学〕；学科教学〔物理〕。

学科教学〔化学〕；学科教学〔英语〕；学科教学〔历史〕；职业技术教育）、应用心理硕士、体育硕士（领域：体育教学；运动训练）、汉语国际教育硕士、翻译硕士（领域：英语笔译、英语口译）、新闻与传播硕士、出版硕士、电子信息硕士、机械硕士、材料与化工硕士。

生物与医药硕士、交通运输硕士、艺术硕士（领域：艺术设计；美术；音乐）、社会工作硕士、应用统计硕士、风景园林硕士、临床医学硕士（领域：内科学；

儿科学；老年医学；神经病学；精神病与精神卫生学；皮肤病与性病学；影像医学与核医学；临床检验诊断学；外科学；妇产科学。

眼科学；耳鼻咽喉科学；肿瘤学；康复医学与理疗学；运动医学；麻醉学；急诊医学；全科医学；临床病理学）、口腔医学硕士、公共卫生硕士、护理硕士、药学硕士、农业硕士（领域：养殖、渔业、农村与区域发展、农业信息化、植物保护）、资源与环境、能源动力、旅游管理、图书情报。