河源市有5个县、1个区。截至2021年4月，河源市管辖源城区、东源县、龙川县、紫金县、连平县、和平县共五县一区。

1、源城区

位于广东省东北部，河源市的最南端。以老城区为中心，东临河源市紫金县，南临惠州市区惠城区，西临惠州龙门县，北临河源市龙川县、和平县。

源城区处于经济发达的珠三角地区与贫困山区的结合部，总面积361.5平方公里。

截至2011年，源城区辖5个街道：上城街道、东埔街道、新江街道、源西街道、高埔岗街道；2个镇：源南镇、埔前镇。

2、和平县

地处东经114°41′～115°16′，北纬24°5′～24°42′，位于广东省东北部，东江上游，粤赣边境的九连山地区。

东连龙川县，南邻东源县，西毗连平县，北与江西省定南县、龙南县接壤。和平总面积2310平方公里，略呈“桑叶形”，东西横距53.5公里，南北纵距61公里。

截至2012年末，和平县辖阳明镇、彭寨镇、东水镇、林寨镇、热水镇、大坝镇、上陵镇、下车镇、长塘镇、贝墩镇、古寨镇、礼士镇、公白镇、合水镇、青州镇、浰源镇、优胜镇等17个镇，管理25个居民委员会，216个村民委员会；

下设160个居民小组、3804个村民小组。

3、龙川县

位于广东省东北部，东江和韩江上游，地跨北纬23°5′57″——24°47′03″，东经115°03′13″——115°35′18″之间。

东连兴宁、五华，南邻河源，西接和平，北界江西定南、寻乌。全县总面积3089余平方公里，人口绝大多数为汉族，县治设于老隆镇。

截至2005年12月31日，龙川县辖25个镇（老隆、四都、黄石、细坳、车田、贝岭、黎咀、上坪、丰稔、赤光、龙母、回龙、田心、铁场、登云、通衢、鹤市、黄布、紫市、佗城、岩镇、新田、附城、义都、麻布岗）。

4、连平县

地处广东省北部，位于北纬24°06'至24°36'，东经114°14'至114°56'之间。

县境东西长72.4公里，南北宽55.6公里。东与和平县接壤，南与河源市郊区、新丰县相连，西与翁源县毗邻，北与江西省的龙南、全南两县交界。

全县总面积2365平方公里。

截至2012年7月5日，连平县辖13个镇：元善镇、上坪镇、内莞镇、陂头镇、溪山镇、隆街镇、田源镇、油溪镇、忠信镇、高莞镇、大湖镇、三角镇、绣缎镇。

共有159个村委会、16个居委会。

5、东源县

地处广东省中部，东江中上游。东邻龙川县、梅州市五华县，北接和平县、连平县，南靠河源市区和紫金县，西连惠州市龙门县、韶关市新丰县，是珠江三角洲与粤北山区的结合部，东西长130公里，南北宽66.6公里，面积4070平方公里。

截至2005年12月31日，东源县辖20个镇（仙塘镇、灯塔镇、骆湖镇、船塘镇、顺天镇、上莞镇、曾田镇、柳城镇、义合镇、蓝口镇、黄田镇、叶潭镇、黄村镇、康禾镇、锡场镇、新港镇、双江镇、涧头镇、半江镇、新回龙镇）、1个民族乡（漳溪畲族乡）。