六次叙利亚战争耗尽了国力，沦为罗马的保护国，（附近的努米底亚王国、犹太王国、帕加马王国也几乎都是罗马的附属国），到了托勒密十二世的统治时期，埃及不仅丢失了最后的海外殖民地塞浦路斯，还要向夺走塞浦路斯的罗马人缴纳巨额贡金，托勒密十二世法老还不得不向人民横征暴敛，以求满足罗马人的贪婪胃口。

人民的不满最后导致了在公元前58年爆发了亚历山大港市民起义，军队哗变，托勒密十二世

不得不仓皇登上战舰，渡海逃到罗马求助。

人民拥戴其女儿贝勒尼基四世为女王。

托勒密十二世在罗马到处借钱告贷，什么夸张的条件都肯答应，凑足了一万塔兰特，雇佣了一支强大的罗马军团，陪同他赶赴埃及平乱。

在罗马将军奥卢斯·加比尼乌斯帮助下，托勒密十二世终于夺回亚历山大港，重登宝座，并且下令残酷地处死了悖逆的女儿贝勒尼基四世，结束她的统治。

据说她是被裸体当众砍头，而且首级还被父亲用托盘端着，拿到宫廷的酒席上展览示众，按照他父亲的意思是，借以威慑众人：这就是篡位夺权的下场！

托勒密十二世虽然能杀掉女儿，却更彻底地失去了臣民的心，埃及的国势再次变得风雨飘摇。

在接下来的内战和罗马人的到来更加重了托勒密的衰弱。

托勒密十三世被强迫拿出大量的物资和粮食只换了一个“罗马人民和罗马元老院之友”的头衔，还要被迫承担父亲答应给罗马债务。

最后恺撒被姐姐征服，罗马军队开入亚历山大，自己战败被杀亚历山大也被打烂了，接下来大家都知道了。