中医学理论体系形成于战国至两汉时期。《黄帝内经》、《难经》、《伤寒杂病论》、《神农本草经》等医学专著的成书，标志着 中医学理论体系的初步形成。

中医学理论体系的形成有两大标志。其一为《黄帝内经》的出现，标志着中医学理论体系的初步形成。《黄帝内经》的成书年代尚待确定，一般认为书中大部分内容系秦汉医家所作，它系统总结了秦汉以前的医药经验，后世尊为医经之祖。

全书分为《素问》和《灵枢》两部分，共收集医学论文168篇，系统地阐述了人体的结构、生理、病理、诊疗、养生等，其内容包括阴阳五行、藏象、经络、病机、诊法、辨证、治则、治法、用药等等，奠定了中医学独特理论体系的理论基础。

可以说，今天的《中医基础理论》仍然没有超出它的范围。

其二是继《黄帝内经》之后出现的3部重要医药著作，标志着中医学独特理论从理论基础到临床实践形成了比较完整的体系。

第一部是《难经》，成书于汉代，相传系秦越人(扁鹊)所著。全书以提问质疑的形式列出81个问答，称为“八十一难”。该书阐述了人体的结构、生理、病理、诊断、治疗等内容，特别是对脉诊与针灸阐发较深。

补充与发展了《黄帝内经》的某些内容，与《黄帝内经》一样，成为后世指导临床实践的理论基础。

第二部是《神农本草经》，成书约在汉代，托名为神农所著。该书收载中药365种，按照药物功能将药物分为寒、凉、温、热四性，酸、苦、甘、辛、咸五味。

并将药物按养生、延年益寿、治病和有毒无毒分为上、中、下三品。例如该书中提出的麻黄治喘、黄连止痢、常山截疟、海藻治瘿瘤、水银治疥疮等记载，早已被临床证实疗效可靠。

该书的出现为中医药临床实际奠定了药物学理论基础，是我国第一部药物学专著。后世本草学一直受《神农本草经》理论与体例的影响。

第三部是《伤寒杂病论》，为东汉伟大的医家张机(字仲景)所著。该书分为《伤寒论》和《金匱要略》两部分，分别讨论外感热病和内伤杂病。

前者按六经辨证，后者按脏腑辨证。该书第一次系统总结了中医药学的理、法、方、药，是我国第一部临床学专著，为中医辨证论治建立了较为系统的理论体系。