区别在于以下几个方面：

第一，位置不同，蒙自站位于云南省红河哈尼族彝族自治州蒙自市东郊余家寨南侧，红河站位于云南省红河哈尼族彝族自治州蒙自市西郊仁厚村西侧。

第二，车站规模和性质不同。红河站，是弥蒙铁路线一个新建站点，为中间站性质车站，设到发线9条，4站台。红河站最高聚集人数1500人/小时，近期通过客车37对/日，远期通过客车57对/日；

车站近期旅客发送量371万人/年，远期旅客发送量538万人/年。

红河站作为弥蒙线的终点站，设高速场和普速场，高速场设到发线5条（含正线），有效长650米，车站设旅客站台3座（450×12.0×1.25基本站台1座、中间站台2座），设旅客地道2座；

普速场近期设到发线4条（含正线），有效长650米，车站设旅客站台1座（450×12.0×1.25中间站台1座），设旅客地道2座，远期普速场预留1台2线；

高速场蒙自端设疏解线与既有蒙河线接轨；车站近期设主站房一座，远期预留辅站房一座；车站蒙自端设动车存车场并预留机务设施。

红河站高速场预留蒙文线接轨，普速场预留蒙文线联络线接入条件。

蒙自站是泛亚铁路东线、滇越铁路、昆蒙城际铁路中间站，为普速铁路车站，属于三等站。