马边在春秋战国时期，属于蜀国。秦朝，分属南安、僰道两县。

　　汉代，属犍为、越西两郡，处于南安、僰道、卑水三县的结合部。

　　蜀汉时期，马边属于新道县。魏晋南北朝，马边名为犍为郡僰道、南安二县地，实为僚人、叟人部落所据。

　　隋唐宋王朝对少数民族实行羁縻州统治，“即其部落列置州县，其大者为都督府，以其首领为都督、刺史，皆得世袭，虽贡赋版籍不上户，然声教所暨，皆边州都督、都护所领” (《新唐书地理志》) 。

　　唐朝在小凉山区建立马湖部，辖殷、驯、骋、浪四个羁縻州，马边属于其中的驯、骋两州地。宋代，马边分属马湖部、虚恨部。

　　北宋英宗治平二年(1065年)，建赖因寨于赖因垴(今误为岩鹰老)下面平坝处及荣丁寨，马边分属嘉州（今乐山市）犍为县、叙州府、大理国虚恨部。

　　至元二十五年(1298年)，元朝把赖因、荣丁、利店、沐川、笼篷五寨划归马湖路，马边隶属于叙南等处宣抚司马湖路沐川长官司。

　　明朝，马边属于四川布政使司马湖府沐川长官司。万历十七年(1589年)，明朝廷“增设马湖府安边厅，建城大河坝（今县城），御名新乡镇”(《马边厅志略卷五.建新乡城碑记》)，派四品官汪京担任安边厅同知，马湖安边厅与沐川长官司脱离隶属关系，为马湖府所辖。

随着新乡镇和烟峰两地建城，又建军事组织，以“马湖府安边厅”的简称命名，谓之“马边营”，列兵二千，设守备。“马边”之名由此得。

　　清初，留马边营裁安边厅同知。雍正五年(1727年)，清朝将马湖府并入叙州府，马边遂属叙州府屏山县。屏山县在马边建立荍坝、川秧、上溪、下溪四个乡。

　　清乾隆二十九年(1764年)，外地汉族移民日增，垦殖事业发展。四川总督阿尔泰奏请朝廷从屏山分设马边厅，直属叙州府，并从富顺调“督捕理民通判”移住马边，颁发关防。

　　清嘉庆十三年(1808年)，改派同知主政。全厅设九乡十七场，以汉族官员主持。在彝族聚居区设九个土百户，由四川省提督衙门发给号纸(委任状)，由彝族头人担任土目，皆世袭。

　　民国元年(1912年)，废府建道，以省统道，以道统县。马边厅属下川南道(道治今泸州市)。

　　民国3年(1914年)，下川南道更名为永宁道，领25县，马边厅更名为马边县。

　　1950年8月，马边解放，成立马边县人民政府，属川南行署乐山专区管辖。

　　1956年元月，马边县划归凉山彝族自治州，由乐山专区代管。

　　1984年4月9日，国务院决定，撤销马边县，建立马边彝族自治县，并划归乐山地区管辖。

　　1984年10月1日，马边彝族自治县成立。

　　1985年6月，国务院决定，撤销乐山地区，建立乐山市，实行市管县体制，马边彝族自治县随之属乐山市管辖。