农民工工资保证金，即专项用于发生欠薪时支付农民工工资的应急保障资金。由于国家未针对工资保证金制定类似于《工程质量保证金管理办法》的统一规定，因此各地多结合地域实际情况制定了不同的实施方案，在缴存主体、提取比例、缴退程序等设置上都有所不同。
作为保证履行农民工工资支付义务的担保形式，其开工前收取的特征能够起到防欠薪于未然的作用，其竣工后退还的特征结合较高的金额却也带来了施工企业投资成本及建设单位工程造价的增加。
近年来，各地在平衡欠薪防治与企业减负方面有较多创新措施，其中，差异化管理、立异化缴纳表现的尤其亮眼。
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农民工工资保证金差异化管理
依据2013年国务院《关于深化收入分配制度改革重点工作分工的通知》提出的“完善与企业信用等级挂钩的差别化工资工资金缴纳办法”以及2016年国务院《关于全面治理拖欠农民工工资问题的意见》“对一定时期内未发生工资拖欠的企业实行减免措施、发生工资拖欠的企业适当提高缴存比例”，各地实行的工资保证金差异化缴存，一方面因企业有无发生拖欠情况而不同，另一方面也与企业信用挂钩。
地方政策一方面依据拖欠情况分等级制定了缴存比例，如江苏省前2年内未发生欠薪行为的按合同价款的2%缴存保证金，前2年内发生过欠薪行为的按3%缴存、曾因欠薪引发群体性事件的按4%缴存；
安徽省对于非重点工程项目的减免幅度更大，前一年未拖欠的按0.5%缴存，连续两年未拖欠的按0.4%缴存，连续三年未拖欠的可免于缴存农民工工资保证金。
地方政策另一方面也依据企业信用状况调整了缴存标准，如山西省太原市对在建筑市场监管公共服务平台和各级信用信息共享平台未查询到近一年内存在违法转分包等不良行为信息的企业，按不同等级分别给予免予缴存、按20%缴存和按50%缴存的优惠政策。
另外，福建省龙岩市还特别要求：近三年内有1次被评价为工资支付行为严重失信或列入“黑名单”的建筑施工企业，不得以银行保函、担保保函、保险保证形式缴存工资保证金。
事实上，与保证金差异化管理相统一，2019年《住房和城乡建设部等部门关于加快推进房屋建筑和市政基础设施工程实行工程担保制度的指导意见》也提出要对农民工工资支付保函实行差别化管理。
龙岩市的做法属于保函差异化管理的形式之一，此外还有青岛市在农民工工资支付保证保险中依据信用考核结果实行差异化费率，北京市也明确企业三年内无欠薪记录的可免办工资保函，而一旦发生拖欠工资行为，不仅需补办保函，保证额度也直接翻倍。
整体看来，各地主要依据工资支付执行情况及企业信用状况实行民工工资支付保证金差异化缴纳制度，旨在引导企业诚信经营、规范运作；
相应的，这些差别化因素也体现为工资保函的费率调整系数。此外为完善建筑工人管理，还有地方政府结合企业劳务用工管理情况、施工现场实名制管理执行情况等进行差别化管理。
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农民工工资保证金立异化缴纳
在差异化管理之外，各地还针对农民工工资的缴纳形式、缴纳单位、缴纳监管等进行了革新。创新缴纳形式，以保险保函、银行保单、担保保函形式替代现金缴存，可以直接缓解企业资金压力、有效降低企业经营成本。
如吉林省《关于疫情防控期间调整农民工工资保证金收取方式的通知》规定有能力以现金形式缴纳的继续现金缴纳，而资金周转较为困难且信用优良的企业可用保函形式替代现金缴纳；
近日《住房和城乡建设部办公厅关于加强新冠肺炎疫情防控有序推动企业开复工工作的通知》提出的“疫情防控期间新开工的工程项目，可暂不收取农民工工资保证金”，针对的也是现金保证金带来的现金流紧张、周转压力大问题。
创新缴纳单位，以企业保证金代替项目保证金，能够落实企业工资支付责任。如《内蒙古自治区建筑工人实名制与工资支付管理办法》要求建筑企业按照不同的资质等级存储不同额度的工资保证金；
浙江省《关于进一步完善建筑业企业农民工工资支付保证金制度意见的通知》也要求农民工工资支付保证金以企业为单位缴纳，不以承接的工程项目为单位缴纳，两地皆是以“能力越大，责任越大”方式维护农民工合法权益。
另外，北京市还设立了“施工总承包企业不少于100万元，专业承包企业和劳务分包企业不少于50万元”的缴纳标准，落实了总承包单位的首要责任和分包单位的主体责任。
浙江·衢州·柯城创新缴纳监管，以协同监管代替单一监管，能够构建跨部门、跨领域、跨地区的诚信约束与欠薪防治体系。如广西首创的农民工工资保证金三方监管制度通过劳动监察信息系统与银行资金监管系统对接，实现了缴存方、政府监管部门、商业银行三方参与的保证金监管闭环；
广东也拟引入工会组织实施工资保证金监督，通过在评优评先方面奖惩发挥制度更大作用。
各地实行的差异化管理及立异化缴纳，一方面在治理欠薪和减轻负担之间趋向平衡，另一方面也更好发挥出了保证金的义务履行保证功能。
长远来看，农民工工资保证金的缴纳形式、金额及主体还有优化空间，主管部门一方面应加强政策引导，另一方面也应发挥市场力量，逐步完善工资保证金制度，早日健全根治欠薪长效机制。