《天津通志·水利志》:南运河乃人工运河，东汉建安十一年(206年)曹操开凿平虏渠，南迄参户(青县境内)北行入泒水，与东汉建安九年(204年)开凿的"引淇水入白沟"共入清河，为后来开凿南运河奠定了基础。

隋大业四年(608年)重修永济渠，基本上利用曹魏时旧渠。因沁、淇两河合于卫又得名卫河。因隋炀帝乘龙舟沿永济渠抵涿郡，故又名御河。

元至元二十年(1283年)至元二十九年(1292年)，先后开通济州河、会通河、通惠河，从此京杭运河不再绕道中原，起名为京杭大运河，以天津三岔口为界，南为南运河、北为北运河。

明、清漕粮运输增加，故又名漕河。因分段命名，卫河下至三岔口称卫漕。现以水系划分，因其属漳卫南运河水系，故称南运河。

1949年新中国建立后，南运河经过几次治理，形成自四女寺枢纽始，流经山东省德州市、河北省故城、景县、阜城、吴桥、东光、南皮、泊头市、沧县、沧州市、青县等县市，止于天津市静海县十一堡的上改道节制闸，全长309公里的河道。

其左堤长271.4公里，堤顶起点高程26.6米(黄海高程，下同)，止点高程7.3米。右堤长273.1公里，堤顶起点高程26.8米，止点高程7.5米。

河底起点高程15.3米，止点高程0.85米，河底纵坡上陡下缓为1/18000~1/31000，河槽为单式U型断面，上口宽110~25米，槽深7~9米，堤距1663~45米。

天津市境内的南运河段历史上本是于三岔河口与北运河同注入海河干流，三岔河道在今金刚桥以下。1917年天津发大水，次年11月在整治海河干流时，进行了三岔河口裁弯取直工程，把三岔河口的地理位置向上游推移至现位置 。