《火焰纹章：纹章之谜》是《火焰纹章》系列在SFC平台上的第一部作品，由任天堂公司在1994年1月21日发行。

在遥远的过去，由龙人族首领梅迪乌斯率领的德鲁亚帝国军侵略了阿卡尼亚大陆。人们陷入到了恐怖和绝望之中。阿卡尼亚圣王国也被恐怖的黑暗龙毁灭了。

世界濒于毁灭。可是……奇迹出现了。有一个来自阿利迪亚名叫安尼的年轻人，经过千辛万苦得到了神剑法鲁西昂，打倒了黑暗龙梅迪乌斯。

德鲁亚帝国毁灭了。阿卡尼亚王国重建起来。和平降临了，以阿利迪亚为首的很多国家都建立起来。

但是，在德鲁亚战争结束一百年后，经过了这么漫长的时间，梅迪乌斯又在德鲁亚复活了。还合并了邻国古鲁尼亚和玛凯多尼亚，重建了德鲁亚帝国。

在达因有一个妄想统治世界的大主教加尼弗，他与帝国联手向阿卡尼亚王国发起了进攻。阿卡尼亚王国拼死抵抗，但在梅迪乌斯和古鲁尼亚的名将卡缪的面前节节败退，最终阿卡尼亚灭亡了，王室成员除公主妮娜侥幸逃出外全部被处以死刑。

在继承了英雄安尼血统的阿利迪亚，国王柯内利亚斯为了打败梅迪乌斯取出了传说中的神剑法鲁西昂，却因为盟国古拉的背叛遭受重创，阿利迪亚王国也被毁灭了。

只有14岁的王子玛鲁斯在姐姐爱丽丝的帮助下逃了出来，向处于边境的岛国塔利斯逃去……