菏泽校区以本科教育为主，积极发展研究生教育，自2014年开始招收本科生。菏泽校区现有化学工程与工艺、制药工程、食品科学与工程、高分材料与工程、市场营销五个专业。

其中，高分子材料与工程专业为山东省省级品牌特色专业，市场营销专业为山东省名校工程省级重点建设专业，其余3个专业均为学校优势和热门专业。

菏泽校区招生计划由山东省教育招生考试院单独编制招生院校代码，作为一个院校志愿填报。学生完成学业后，按照齐鲁工业大学学籍管理规定等有关要求，符合毕业、达到学位授予条件的统一颁发齐鲁工业大学本科学历、学士学位证书。

菏泽校区规划建设用地1247亩，总建筑面积51.72万平方米，采取“一核双轴、书香环翠”规划布局模式，建成后可满足15000名在校学生学习、生活和教职工教学、科研工作的需要。

菏泽校区一期建设用地568亩，建筑面积约25万平方米，已于2016年10月正式启用，教学楼、实验楼、综合楼、工程训练中心、风雨操场等教学设施齐全，学生宿舍、食堂、卫生室等服务设施完备。

目前，菏泽校区有在校本科生1600余名，2017年计划招生为500名本科生。

菏泽校区不招收硕士研究生。